Venne edificata intorno all’anno Mille e fu di proprietà del Capitolo della Cattedrale fino al 1256. L’edificio fu oggetto di numerosi ampliamenti fino alla metà del Seicento. A causa delle soppressioni napoleoniche, una parte dei chiostri dell’annesso convento furono adibiti a caserma e, ad inizio Ottocento, demoliti.
Nel 1886 fu chiusa al culto e dal 1936 in poi crolli e demolizioni la ridussero lentamente in un rudere. Danneggiata ulteriormente dai bombardamenti del 1944, tra il 1965 e il 1967 la fiancata sinistra fu abbattuta per consentire i lavori di costruzione della scuola media “Dante Alighieri”, ultimata nel 1969.
La chiesa ospitava al suo interno capolavori come il Trionfo di Sant’Agostino del modenese di Serafino dei Serafini o il celebre Polittico Costabili di Garofalo e Dosso Dossi, entrambi ora presso la Pinacoteca Nazionale di Ferrara, così come l’Antico e Nuovo Testamento dello stesso Garofalo, affresco staccato dal refettorio. I resti della chiesa di Sant’Andrea sono ancora visibili in via Camposabbionario...........